Για τη συμμετοχή τους στο Π.Μ.Σ. «Παιδιατρική Πνευμονολογία» οι ΜΦ καταβάλλουν τέλη φοίτησης που ανέρχονται στο ποσό των τεσσάρων χιλιάδων ευρώ (4.000,00€) για όλο το πρόγραμμα. Τα τέλη φοίτησης καταβάλλονται σε τέσσερεις (4) ισόποσες δόσεις των χιλίων ευρώ (1.000,00€) ανά εξάμηνο. Η καταβολή του τέλους γίνεται στην αρχή κάθε εξαμήνου. Η ΕΕ αποφασίζει για την χορήγηση υποτροφιών στους ΜΦ ανάλογα με τα διαθέσιμα χρήματα για την κάλυψη υποτροφιών (αριστείας ή ανταποδοτικές) και χορηγεί υποτροφίες με βάση τα κριτήρια που αναφέρονται παραπάνω στην επιλογή των υποψηφίων ΜΦ ή την επίδοσή τους στις μεταπτυχιακές σπουδές.